中国科学技术大学物理学院工程与应用物理系成立于2018年3月。建立之初以核科学技术和应用物理的前沿研究为导向，以国家重大科学计划和国际重大合作科研项目为牵引，围绕国家重大战略需求设置学科方向，拥有“等离子体物理”、“医学物理”和“核科学与技术”三个本科专业。2020年6月，为配合学校的长期规划和布局，促进学科发展，工程与应用物理系重新整合，调整学科方向与师资力量：“核科学与技术”学科与等离子体物理专业部分师资纳入核科学技术学院；在工程与应用物理系增加“精密测量”学科方向，并引进新的师资力量。自此，工程与应用物理系开启崭新的发展历程。

工程与应用物理系目前拥有“物理学”国家一级重点学科和“电子科学与技术”、“量子信息科学”两个一级学科，设有原子与分子物理、自旋物理学、凝聚态物理、物理电子学、微电子与固体电子学、等离子体物理、医学物理和量子信息科学等本科专业方向，具有本科、硕士以及博士学位授予权，并设有博士后流动站。

“等离子体物理”专业历史悠久，原属近代物理系。2018年3月整体加入新成立的工程与应用物理系，2020年6月，部分师资力量分流。等离子体物理专业创立于1974年，同年开始招收本科生，率先在国内创建了一套完整的从本科生、硕士生、博士生到博士后的等离子体物理人才培养体系。1993年，等离子体物理学科在国务院学位委员会组织的学位与研究生教育评估中名列全国第二（高校第一），1998年在中国科学院组织的博士生质量评估中名列第一，2001年被评为国家级重点学科，在等离子体物理学科中名列第一。等离子体物理学科点的建立，使得中国科学技术大学迄今为止一直是我国高校中唯一有等离子体物理本科毕业生的培养单位。

“医学物理”面向大型医疗器械及临床应用等新兴科研与工程领域，以中国科学技术大学“物理学”及“核科学与技术”两门A+优势学科为辅助，附属第一医院相关科室丰富临床资源为补充，依据该学科国际办学标准建设，力争成为国内最具特色和影响力的医学物理学科。

“精密测量”是一门新设学科，是目前快速发展的量子技术与应用相结合的前沿研究领域，是量子科学的重要组成部分。学科建设依托合肥微尺度物质科学国家研究中心、量子信息与量子科技前沿协同创新中心等一流研究平台，研究方向包括量子频标、精密光谱测量、量子雷达、精密磁场测量、同位素痕量测量等，已经产生了系列的一流成果。

工程与应用物理系目前的本科培养理学学士。硕士博士方向为：等离子体物理、医学物理、精密测量，各专业均具有良好的就业和个人发展前景。

工程与应用物理系师资力量雄厚，汇聚了一批知名的专家和优秀的年轻学者。目前有院士2名、国家杰出青年基金获得者2人，教授副教授等教职工共 26 人，其中博士生导师 15 人，副高级职称教师共4人。工程与应用物理系的教师目前承担有国家重大科技专项、国家重大基础项目，科技部重点研发计划，国家自然科学基金重大、重点项目、面上项目等多项科研任务，科研成果突出。